Penubuhan Malayan Union Pada bulan Oktober 1945, pihak British mengumumkan satu langkah bagi menamatkan cara pemerintahan secara tidak langsungnya dengan menyatukan kesemua negeri menjadi Kesatuan Malaya di bawah seorang Gabenor yang mempunyai kuasa eksekutif. Ia juga telah mencadangkan untuk memperkenalkan kewarganegaraan Malaya yang akan memberi hak sama rata kepada mereka yang mengakui Malaya sebagai tanah airnya. Walaupun Pulau Pinang dan Melaka merupakan sebahagian daripada cadangan Kesatuan Malaya, ia tetap akan menjadi Jajahan British. Singapura juga akan menjadi jajahan yang berasingan. Kesatuan Malaya dan Singapura akan mempunyai Gabenor, Majlis Eksekutif dan Perundangan mereka sendiri. Di bawah Kesatuan Malaya, Raja-raja Melayu akan menjadi Presiden Majlis Penasihat Melayu di negeri masing-masing, yang bertanggungjawab terhadap hal-hal keagamaan sahaja. Raja-raja Melayu dikehendaki menandatangani perjanjian baru yang akan memberikan kerajaan British kekuasaan mutlak di negeri mereka. Perlembagaan yang dicadangkan ini merupakan satu perubahan yang menyeluruh dalam dasar kerajaan British. Selama ini, Negeri-negeri Melayu tidak pernah menjadi wilayah British secara mutlak dan hanya merupakan negeri-negeri yang dilindungi British. Pada bulan Oktober 1945, Sir Harold MacMicheal, wakil khas kerajaan British tiba di Kuala Lumpur bagi membincangkan perjanjian baru dengan Raja Negeri-negeri Melayu. Walaupun membantah, pihak Raja telah menandatangani perjanjian tersebut dan melepaskan hak kedaulatan dan kekuasaan mereka kepada Kerajaan British. Parti-parti politik dan persatuan-persatuan ditubuhkan di seluruh negara dengan tujuan menentang cadangan Kesatuan Malaya yang akan berkuatkuasa pada 1 April 1946 di mana sebuah pentadbiran kerajaan awam akan ditubuhkan. Pada 1 March 1946 wakil daripada 41 persatuan dan pertubuhan Melayu telah membentuk Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (United Malays National Organization-UMNO). Dato' Onn Jaafar telah dilantik sebagai Presiden yang pertama dan orang Melayu pada waktu itu buat pertama kalinya, menjadi lebih bersatu apabila memperjuangkan satu hala tuju yang dikongsi bersama. UMNO menjadi peneraju bagi penentangan orang Melayu terhadap Kesatuan Malaya. Perpaduan orang Melayu telah menjadi satu kuasa baru yang dihadapi oleh pihak British dan juga masyarakat Cina. UMNO seterusnya meluluskan satu resolusi yang mengisytiharkan bahawa perjanjian yang ditandatangani oleh para Raja tidak lagi sah dan batal. Pada 31 Mac 1945, Pentadbiran Ketenteraan British dibubarkan secara rasminya. Pada 1 April 1946, Kesatuan Malaya diwujudkan dan Sir Edward Gent telah dilantik sebagai Gabenor Kesatuan Malaya di Kuala Lumpur. Walau bagaimanapun, UMNO telah menuntut agar Kesatuan Malaya dibubarkan dan digantikan dengan Persekutuan Tanah Melayu. Persekutuan Tanah Melayu yang dicadangkan ini terdiri daripada sembilan buah Negeri-negeri Melayu dan dua buah negeri jajahan British. Ia juga mencadangkan agar seorang Pesuruhjaya Tinggi dan bukannya seorang Gabenor, dilantik sebagai wakil Kerajaan British. Cadangan tersebut juga menetapkan bahawa selain daripada orang Melayu, hanya generasi kedua orang Cina, India dan lain-lain bangsa yang berhak mendapat taraf kewarganegaraan persekutuan. Justeru, Kesatuan Malaya telah dibubarkan secara rasmi pada 31 Januari 1948.